TY - JOUR AU - Marine, M. AU - Brown, N. A. AU - Riano-Pachon, D. M. AU - Goldman, G. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - On and under the skin: emerging basidiomycetous yeast infections caused by Trichosporon species JO - PLoS Pathog VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1004982 DO - 10.1371/journal.ppat.1004982 ID - Marine2015 ER - TY - JOUR AU - Liao, Y. AU - Lu, X. AU - Yang, S. AU - Luo, Y. AU - Chen, Q. AU - Yang, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Epidemiology and outcome of Trichosporon Fungemia: A review of 185 reported cases from 1975 to 2014 JO - Open Forum Infect Dis VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/ofid/ofv141 DO - 10.1093/ofid/ofv141 ID - Liao2015 ER - TY - JOUR AU - Colombo, A. L. AU - Padovan, A. C. AU - Chaves, G. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Current knowledge of Trichosporon spp. and Trichosporonosis JO - Clin Microbiol Rev VL - 24 UR - https://doi.org/10.1128/CMR.00003-11 DO - 10.1128/CMR.00003-11 ID - Colombo2011 ER - TY - JOUR AU - Kristensen, L. S. AU - Andersen, M. S. AU - Stagsted, L. V. W. AU - Ebbesen, K. K. AU - Hansen, T. B. AU - Kjems, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - The biogenesis, biology and characterization of circular RNAs JO - Nat Rev Genet VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/s41576-019-0158-7 DO - 10.1038/s41576-019-0158-7 ID - Kristensen2019 ER - TY - JOUR AU - Sanger, H. L. AU - Klotz, G. AU - Riesner, D. AU - Gross, H. J. AU - Kleinschmidt, A. K. PY - 1976 DA - 1976// TI - Viroids are single-stranded covalently closed circular RNA molecules existing as highly base-paired rod-like structures JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 73 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.73.11.3852 DO - 10.1073/pnas.73.11.3852 ID - Sanger1976 ER - TY - JOUR AU - Cocquerelle, C. AU - Mascrez, B. AU - Hetuin, D. AU - Bailleul, B. PY - 1993 DA - 1993// TI - Mis-splicing yields circular RNA molecules JO - FASEB J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1096/fasebj.7.1.7678559 DO - 10.1096/fasebj.7.1.7678559 ID - Cocquerelle1993 ER - TY - JOUR AU - Vo, J. N. AU - Cieslik, M. AU - Zhang, Y. AU - Shukla, S. AU - Xiao, L. AU - Zhang, Y. PY - 2019 DA - 2019// TI - The landscape of circular RNA in cancer JO - Cell. VL - 176 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.12.021 DO - 10.1016/j.cell.2018.12.021 ID - Vo2019 ER - TY - JOUR AU - Lu, S. AU - Yang, X. AU - Wang, C. AU - Chen, S. AU - Lu, S. AU - Yan, W. PY - 2019 DA - 2019// TI - Current status and potential role of circular RNAs in neurological disorders JO - J Neurochem VL - 150 UR - https://doi.org/10.1111/jnc.14724 DO - 10.1111/jnc.14724 ID - Lu2019 ER - TY - JOUR AU - Aufiero, S. AU - Reckman, Y. J. AU - Pinto, Y. M. AU - Creemers, E. E. PY - 2019 DA - 2019// TI - Circular RNAs open a new chapter in cardiovascular biology JO - Nat Rev Cardiol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/s41569-019-0185-2 DO - 10.1038/s41569-019-0185-2 ID - Aufiero2019 ER - TY - JOUR AU - Shan, K. AU - Liu, C. AU - Liu, B. -. H. AU - Chen, X. AU - Dong, R. AU - Liu, X. PY - 2017 DA - 2017// TI - Circular noncoding RNA HIPK3 mediates retinal vascular dysfunction in diabetes mellitus JO - Circulation. VL - 136 UR - https://doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.117.029004 DO - 10.1161/CIRCULATIONAHA.117.029004 ID - Shan2017 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Z. AU - Sun, B. AU - Huang, S. AU - Zhao, L. PY - 2019 DA - 2019// TI - Roles of circular RNAs in immune regulation and autoimmune diseases JO - Cell Death Dis VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41419-019-1744-5 DO - 10.1038/s41419-019-1744-5 ID - Zhou2019 ER - TY - JOUR AU - Ha, M. AU - Kim, V. N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Regulation of microRNA biogenesis JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3838 DO - 10.1038/nrm3838 ID - Ha2014 ER - TY - JOUR AU - Ma, S. Q. AU - Xu, X. X. AU - He, Z. Z. AU - Li, X. H. AU - Luo, J. M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Dynamic changes in peripheral blood-targeted miRNA expression profiles in patients with severe traumatic brain injury at high altitude JO - Mil Med Res VL - 6 ID - Ma2019 ER - TY - JOUR AU - Croston, T. L. AU - Lemons, A. R. AU - Beezhold, D. H. AU - Green, B. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - MicroRNA regulation of host immune responses following fungal exposure JO - Front Immunol VL - 9 UR - https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.00170 DO - 10.3389/fimmu.2018.00170 ID - Croston2018 ER - TY - JOUR AU - Qi, X. AU - Zhang, D. H. AU - Wu, N. AU - Xiao, J. H. AU - Wang, X. AU - Ma, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - ceRNA in cancer: possible functions and clinical implications JO - J Med Genet VL - 52 UR - https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2015-103334 DO - 10.1136/jmedgenet-2015-103334 ID - Qi2015 ER - TY - JOUR AU - Wu, C. X. AU - Cheng, J. AU - Wang, Y. Y. AU - Wang, J. J. AU - Guo, H. AU - Sun, H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Microrna expression profiling of macrophage line Raw264.7 infected by Candida Albicans JO - Shock. VL - 47 UR - https://doi.org/10.1097/SHK.0000000000000766 DO - 10.1097/SHK.0000000000000766 ID - Wu2017 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics. VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Li, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Toward better understanding of artifacts in variant calling from high-coverage samples JO - Bioinformatics. VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu356 DO - 10.1093/bioinformatics/btu356 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Gao, Y. AU - Zhang, J. AU - Zhao, F. PY - 2018 DA - 2018// TI - Circular RNA identification based on multiple seed matching JO - Brief Bioinform VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbx014 DO - 10.1093/bib/bbx014 ID - Gao2018 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics. VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Pertea, M. AU - Pertea, G. M. AU - Antonescu, C. M. AU - Chang, T. C. AU - Mendell, J. T. AU - Salzberg, S. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3122 DO - 10.1038/nbt.3122 ID - Pertea2015 ER - TY - JOUR AU - Love, M. I. AU - Huber, W. AU - Anders, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8 DO - 10.1186/s13059-014-0550-8 ID - Love2014 ER - TY - JOUR AU - John, B. AU - Enright, A. J. AU - Aravin, A. AU - Tuschl, T. AU - Sander, C. AU - Marks, D. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human microRNA targets JO - PLoS Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020363 DO - 10.1371/journal.pbio.0020363 ID - John2004 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Lu, S. AU - Zhu, N. AU - Guo, W. AU - Wang, X. AU - Li, K. AU - Yan, J. PY - 2020 DA - 2020// TI - RNA-Seq revealed a circular RNA-microRNA-mRNA regulatory network in Hantaan virus infection JO - Front Cell Infect Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.00097 DO - 10.3389/fcimb.2020.00097 ID - Lu2020 ER - TY - JOUR AU - Ma, X. AU - Zhao, X. AU - Zhang, Z. AU - Guo, J. AU - Guan, L. AU - Li, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Differentially expressed non-coding RNAs induced by transmissible gastroenteritis virus potentially regulate inflammation and NF-κB pathway in porcine intestinal epithelial cell line JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-5128-5 DO - 10.1186/s12864-018-5128-5 ID - Ma2018 ER - TY - JOUR AU - Shi, J. AU - Hu, N. AU - Mo, L. AU - Zeng, Z. AU - Sun, J. AU - Hu, Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Deep RNA sequencing reveals a repertoire of human fibroblast circular RNAs associated with cellular responses to herpes simplex virus 1 infection JO - Cell Physiol Biochem VL - 47 UR - https://doi.org/10.1159/000491471 DO - 10.1159/000491471 ID - Shi2018 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Zhang, H. AU - An, M. AU - Zhao, B. AU - Ding, H. AU - Zhang, Z. PY - 2018 DA - 2018// TI - Crosstalk in competing endogenous RNA networks reveals new circular RNAs involved in the pathogenesis of early HIV infection JO - J Transl Med VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12967-018-1706-1 DO - 10.1186/s12967-018-1706-1 ID - Zhang2018 ER - TY - JOUR AU - Zheng, Q. AU - Bao, C. AU - Guo, W. AU - Li, S. AU - Chen, J. AU - Chen, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms11215 DO - 10.1038/ncomms11215 ID - Zheng2016 ER - TY - JOUR AU - Shi, J. AU - Hu, N. AU - Li, J. AU - Zeng, Z. AU - Mo, L. AU - Sun, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Unique expression signatures of circular RNAs in response to DNA tumor virus SV40 infection JO - Oncotarget. VL - 8 UR - https://doi.org/10.18632/oncotarget.21694 DO - 10.18632/oncotarget.21694 ID - Shi2017 ER - TY - JOUR AU - Duarte-Oliveira, C. AU - Rodrigues, F. AU - Goncalves, S. M. AU - Goldman, G. H. AU - Carvalho, A. AU - Cunha, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - The cell biology of the trichosporon-host interaction JO - Front Cell Infect Microbiol VL - 7 UR - https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00118 DO - 10.3389/fcimb.2017.00118 ID - Duarte-Oliveira2017 ER - TY - JOUR AU - Salmena, L. AU - Poliseno, L. AU - Tay, Y. AU - Kats, L. AU - Pandolfi, P. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - A ceRNA hypothesis: the Rosetta stone of a hidden RNA language? JO - Cell. VL - 146 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.07.014 DO - 10.1016/j.cell.2011.07.014 ID - Salmena2011 ER - TY - JOUR AU - Deng, Z. AU - Ma, S. AU - Zhou, H. AU - Zang, A. AU - Fang, Y. AU - Li, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Tyrosine phosphatase SHP-2 mediates C-type lectin receptor-induced activation of the kinase Syk and anti-fungal TH17 responses JO - Nat Immunol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/ni.3155 DO - 10.1038/ni.3155 ID - Deng2015 ER - TY - JOUR AU - Pekow, J. R. AU - Kwon, J. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - MicroRNAs in inflammatory bowel disease JO - Inflamm Bowel Dis VL - 18 UR - https://doi.org/10.1002/ibd.21691 DO - 10.1002/ibd.21691 ID - Pekow2012 ER - TY - JOUR AU - Ninomiya, M. AU - Kondo, Y. AU - Funayama, R. AU - Nagashima, T. AU - Kogure, T. AU - Kakazu, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Distinct microRNAs expression profile in primary biliary cirrhosis and evaluation of miR 505-3p and miR197-3p as novel biomarkers JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066086 DO - 10.1371/journal.pone.0066086 ID - Ninomiya2013 ER - TY - JOUR AU - Escate, R. AU - Mata, P. AU - Cepeda, J. M. AU - Padreo, T. AU - Badimon, L. PY - 2018 DA - 2018// TI - miR-505-3p controls chemokine receptor up-regulation in macrophages: role in familial hypercholesterolemia JO - FASEB J VL - 32 ID - Escate2018 ER -